Aunque, debido al significado que el órgano tiene en el conjunto de la liturgia, es muy posible que hubiera uno anterior, el que se conserva en Celanova procede del siglo XVIII, concretamente del año 1.710 que es cuando el escultor Castro Canseco realiza su contratación. A finales de ese mismo siglo el instrumento es sometido a una profunda renovación, cuya caja se conserva hasta nuestros días. Según Miguel Ángel González, el encargado de esta renovación realizada en 1.776 es el organero franciscano Fray Felipe de la Peña, siendo posteriormente añadido el teclado por Francisco Urumburu en el año 1.801. 

Después de más de cien años de utilidad, a mediados del siglo XIX su composición interior es sometida a una nueva reforma, retirando todos los elementos históricos y sustituyéndolos por una mecánica con soporte eléctrico. 

En el año 2001, el organero suizo con sede en Cataluña, Hans Späth, procedió a su vaciado y a su renovación interior, instalando la mecánica actual que cuenta con dos teclados, un pedalero, 32 registros y cerca de 1.800 tubos.